Sinopsis:

Dengan Malaikat dikalahkan dan kesabaran SEELE pada akhirnya, waktu penghakiman akhirnya telah tiba. Setelah selamat dari serangan sejumlah makhluk di luar perhitungan manusia, NERV menemukan dirinya dibanjiri dalam serangan biadab oleh musuh-musuh manusia yang terlalu dikenal, ketika umat manusia mengkonsumsi dirinya sendiri dalam keinginannya untuk terhubung dan berevolusi. Sementara itu, pilot yang telah lama menjabat sebagai pelindung terakhir umat manusia telah mundur ke dalam, terlalu terbawa rasa malu dan menyesal bahkan tidak menyadari kekacauan di sekitar mereka. Terlepas dari keinginan mereka, Proyek Instrumentality Manusia akan segera dimulai - apakah itu akan menjadi akhir dari semua hal atau awal yang baru, hanya satu anak yang dapat mengatakan.